El proceso de potabilización que se realiza en el sistema de acueducto de Chochó corresponde a desinfección, dada la calidad del agua captada es el único proceso requerido, pues las distintas capas del suelo actúan como filtro natural eliminando impurezas y otros elementos.
La desinfección que se realiza consiste en inyectar cloro en estado gaseoso al agua en la cantidad suficiente según el volumen almacenado. Se debe garantizar un remanente dentro de los límites establecidos para evitar que el agua se contamine en las redes de distribución.
Con el fin de monitorear la calidad y potabilidad del agua se realizan periódicamente actividades de muestreo sobre la red de distribución en los puntos definidos como puntos de muestreo, campo de pozos y tanques de almacenamiento.
Los parámetros a controlar durante el proceso de potabilización son todos aquellos que exige el DECRETO 1575 de 2007 y la resolución 2115 de 2007. Desde la estación de cloración se define la cantidad de cloro a dosificar de acuerdo a los parámetros de control de la distribución de agua potable.